Situa-se no centro histórico de Lisboa, na fronteira entre a baixa pombalina e o bairro de Alfama.
O novo Museu toma o lugar do anterior – espaço adjacente à igreja – e é ampliado para a espaço anexo, parte de um edifício de habitação nascido do programa de reedificação da cidade pós-terramoto.
Recuperou-se a identidade do local através de um trabalho de demolição e limpeza de construções avulsas e descaracterizadoras, em busca da escala e da geometria original dos espaços. A solução encontrada concretizou-se em novos suportes expositivos que acompanham a geometria precisa do espaço, sublinhando-a, e reforçando a presença das cantarias oitocentistas. A escala e dimensão destes painéis tornam-nos elementos arquitectónicos e museográficos, ao mesmo tempo que resolvem tecnicamente o museu.
No exterior, um painel em chapa perfurada cobre todo o alçado do antigo museu, clarificando a identificação dos edifícios envolventes, ocultando as instalações técnicas e criando um suporte de comunicação que permite evidenciar a existência do museu. A semi-transparência do painel promove a relação interior/exterior do museu com o largo e com a estátua do Santo, ao mesmo tempo que permite entrever o pórtico em pedra da fachada existente.